Os Departamentos Científicos têm a finalidade de assessorar a Diretoria da SPSP, emitindo pareceres quando solicitados, propondo normas ou recomendações, e realizando reuniões periódicas, encontros, cursos relacionados a assuntos específicos da respectiva área de atuação médica ou conhecimento.
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| DEPARTAMENTO | PRESIDENTE | VICE-PRESIDENTE | SECRETÁRIO |
| Adolescência | Maria Sylvia de S. Vitalle | Carlos Alberto Landi | Elizete Ap. P. Prescinotti de Andrade |
| Aleitamento Materno | Yechiel Moisés Chencinski | Hamilton Henrique Robledo | Ana Maria Prigenzzi |
| Alergia e Imunologia | Vera Esteves Vagnozzi Rullo | Marcos Tadeu Nolasco da Silva | Cristina Frias Sartorelli de Toledo Piza |
| Bioética | Clóvis Francisco Constantino | Ana Cristina R. Zollner | Simone Brasil de Oliveira Iglesias |
| Cardiologia | Gustavo Foronda | Deipara Monteiro Abellan | Liane Hulle Catani |
| Clínica Cirúrgica em Pediatria | José Roberto de Sousa Baratella | Uenis Tannuri | Marcelo Iasi |
| Cuidados Domiciliares | Fernando Jorge da C. Lyra Filho | José Gabel | Ana Lúcia Santoro |
| Cuidados Hospitalares | Maria Teresa Torgi Alves | Heloisa Fuzita Ionemoto | Paulo Eduardo Ferraz |
| Cuidados Paliativos | Silvia Maria de Macedo Barbosa | Ivete Zoboli | Simone Brasil Iglesias |
| Dermatologia | Silmara P. C. Cestari | Antônio Carlos M. de Arruda | Selma M. F. Helene |
| Diagnóstico por Imagem | Henrique Manoel Lederman | Luiz Antonio Nunes de Oliveira | Roberto Avritchir |
| Emergências | Sulim Abramovici | Andrea de Melo A. Fraga | Graziela de Almeida Sukys |
| Endocrinologia | Adriana A. Siviero Miachon | Patrícia Débora Tosta Hernandez | Louise Cominato |
| Gastroenterologia | Vera Lucia Sdepanian | Gilda Porta | Marisa S. Laranjeira |
| Genética | Patrícia Salmona | Ricardo Ghelman | Marco Antonio de Paula Ramos |
| Ginecologia e Obstetrícia | Mônica López Vázquez | Theo Lerner | Karina Amar |
| Hematologia e Hemoterapia | Célia Martins Campanaro | Miriam Verônica Flor Park | Andrea Angel |
| Imunizações | Marco Aurélio Palazzi Safadi | Renato Kfouri | Daniel Jarovsky |
| Infectologia | Silvia Regina Marques | Eiltan Berezin | Irene Walter de Freitas |
| Medicina do Sono na Criança e no Adolescente | Beatriz Neuhaus Barbisan | Cristiane Fumo dos Santos | Emiliana Motta |
| Nefrologia | Maria Luiza do Val | Maria Helena Vaisbich | Marta Maia |
| Neonatologia | Lilian dos S. Rodrigues Sadeck | Maria Regina Bentlin | Bettina B. Duque Figueira |
| Neurologia | Saul Cypel | Carlos Takeuchi | Romar William Cullen Dellapiazza |
| Nutrição | Rubens Feferbaum | Mauro Fisberg | Maria Arlete M. S. Escrivão |
| Oftalmologia | Rosa Maria Graziano | Márcia Keiko Tabuse | Marcelo Alexandre Agra C. Costa |
| Oncologia | Ethel Fernandes Gorender | Flávio Augusto Vercílio Luisi | Maria Tereza Assis Almeida |
| Ortopedia | Alexandre Francisco Lourenço | Roberto Guarniero | José Antonio Pinto |
| Otorrinolaringologia | Renata Cantisani Di Francesco | Silvio Antonio Monteiro Marone | Renata Dutra de Moricz |
| Pediatria Ambulatorial e Cuidados Primários | Cátia Regina Branco da Fonseca | Adriana Monteiro de Barros Pires | Tadeu Fernando Fernandes |
| Pediatria Legal |
Claudio Barsanti | Mario Roberto Hirschheimer | Silvia Guiguer Araujo de Carvalho Carvalho Chaim |
| Pneumologia | Sonia Mayumi Chiba | Alfonso E. Alvarez | Lenisa S. M. Bolonetti |
| Reumatologia | Adriana Maluf Elias Salum | Melissa Mariti Fraga | Lúcia Maria de Arruda Campos |
| Saúde Escolar | Leila Raquel Russowsky Brunoni | Maria Isa Pereira de Souza | Fausto Flor Carvalho |
| Saúde Mental | Vera da Penha M. Rego Barros | Denise de Souza Feliciano | Renata Pereira Condes |
| Segurança da Criança e do Adolescente | Tania Maria Russo Zamataro | Sarah Saul | |
| Suporte Nutricional | Ciro João Bertolli | José Simon Camelo Junior | Heitor Pons Leite |
| Terapia Intensiva | Ivan Pollastrini Pistelli | Toshio Matsumoto | Ricardo Luis dos Santos Queiroz |
| GRUPOS | COORDENADOR | VICE-COORDENADOR | SECRETÁRIO |
| Combate ao Uso de Drogas por Crianças e Adolescentes | João Becker Lotufo | ||
| Desenvolvimento e Aprendizagem | Renata C. Di Francesco | ||
| Direito do Nascituro, das Crianças e dos Adolescentes: Somos Todos Iguais | Renata Dejtiar Waksman | Mônica López Vázquez | Marina Feferbaum |
| Efeitos do Álcool na Gestante no Feto e no Recém-nascido | Conceição Ap. Mattos Segre | Hermann Grinfeld | |
| Núcleo de Estudos da Violência Doméstica Contra a Criança e o Adolescente da SPSP | Renata D. Waksman | ||
| Núcleo de Gestão em Pediatria | José Luiz Egydio Setubal | Sérgio Antonio Bastos Sarrubbo | Fernanda Maria Ferreira Guimarães |
| Prevenção e Tratamento da Sífilis Congênita | Lilian dos Santos Rodrigues Sadeck | ||
| Saúde Oral | Sylvia Lavínia M. Ferreira | Cristina G. Del Conte |
