Os Departamentos Científicos têm a finalidade de assessorar a Diretoria da SPSP, emitindo pareceres quando solicitados, propondo normas ou recomendações, e realizando reuniões periódicas, encontros, cursos relacionados a assuntos específicos da respectiva área de atuação médica ou conhecimento.
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| Departamento | Presidente | Vice-presidente | Secretário |
|---|---|---|---|
| Adolescência | Marisa Lazzer Poit | Mauricio Castro S. Lima | Andrea Hercowitz |
| Aleitamento Materno | Virginia Spinola Quintal | Maria José G. Mattar | |
| Alergia e Imunologia | Marcos Tadeu Nolasco da Silva | ||
| Bioética | Mario R. Hirschheimer | Dráuzio Viegas | Simone Brasil de Oliveira Iglesias |
| Cardiologia | Gustavo Foronda | Liane Hulle Catani | |
| Clínica Cirúrgica em Pediatria | José Roberto de Souza Baratella | ||
| Cuidados Domiciliares | Fernando Jorge da C. Lyra Filho | Werther B. de Carvalho | José Gabel |
| Cuidados Hospitalares | Maria Teresa Torgi Alves | ||
| Cuidados Paliativos | Silvia Maria de Macedo Barbosa | ||
| Dermatologia | Zilda Najjar Prado de Oliveira | Antônio Carlos Madeira de Arruda | Silvia Assumpção Soutto Mayor |
| Diagnóstico por Imagem | Joel Schmillevitch | Roberto Avritchir | Bety Karpovas Schiman |
| Emergências | Hany Simon Júnior | Marcelo Conrado dos Reis | Milena de Paulis |
| Endocrinologia | Raphael Del Roio Liberatore Júnior | Cristiane Kochi | Hamilton Cabral de Menezes Filho |
| Gastroenterologia | Mauro Batista de Morais | Vera Lúcia Sdepanian | Ceres Concilio Romaldini |
| Genética | Zan Mustacchi | Roberto Muller | Patrícia Salmona |
| Ginecologia e Obstetrícia | Mônica López Vázquez | Adriana Bittencourt Campaner | Andrea Hercowitz |
| Infectologia | Helena Keico Sato | Silvia Regina Marques | Marco Aurélio Safadi |
| Medicina do Sono na Criança e no Adolescente | Marcia Pradela Halliman | Lucila Bizari F. do Prado | José Carlos Pereira Júnior |
| Nefrologia | Anelise Del Vecchio Gessulo | Natalia Andréa da Cruz | Maria Helena Vaisbich |
| Neonatologia | Paulo Roberto Pachi | Celeste Gómez Sardinha Oshiro | Monica de Souza B. Pinheiro |
| Neurologia | Saul Cypel | ||
| Nutrição | Fernanda Luisa C. Oliveira | Rubens Feferbaum | Maria Arlete M. S. Escrivão |
| Oftalmologia | Nilva S. Moraes | Luís Carlos F. Sá | |
| Oncologia e Hematologia | Sandra Regina Loggetto | Miriam Verônica Flor Park | Josefina A. P. Braga |
| Ortopedia | José Antonio Pinto | Rui Maciel Godoy Júnior | Eiffel Dobashi |
| Otorrinolaringologia | Silvio Antonio M. Marone | Shirley Pignatari | Ney Penteado de Castro Júnior |
| Pediatria Ambulatorial e Cuidados Primários | Rosa Resegue Ferreira da Silva | Tadeu Fernando Fernandes | José Gabel |
| Pneumologia | Adyléia A. Dalbo C. Toro | Ana Maria Cocozza | Lucia Harumi Musamata |
| Pediatria Legal | Mario Santoro Júnior | Claudio Barsanti | Kátia Meirelles |
| Reumatologia | Maria Teresa Terreri | Lucia Maria M. de Arruda Campos | Eunice Mitiko Okuda |
| Saúde Escolar | Glaura Cesar Pedroso | Jorge Harada | Fausto Flor Carvalho |
| Saúde Mental | Miriam Ribeiro de F. Silveira | Renata de Luca | João Coriolano R. Barros |
| Segurança da Criança e do Adolescente | Renata Dejtiar Waksman | Daniel M. Katayama | Regina Maria C. Gikas |
| Suporte Nutricional | Jane Oba | Grasiela Bossolan | Suely Prieto de Barros Almeida Peres |
| Terapia Intensiva | Renato Lopes de Souza | Marcelo Barcela Brandão | Ivan Polastrini Pistelli |
